거대한 환초가 빠르게 일본에 접근하고 조사를 위해 환초에 도착한 쿠사나기와 요네모리는 이내 환초가 거대 생물이라는 것을 알게 된다. 그 무렵, 규슈에서 거대 괴조가 나타난다.