공룡들이 평화롭게 살고 있던 우르르 행성에 악당 블랙제니가 나타난다. 블랙제니는 부하들과 함께 공룡들을 납치하여 인형들로 만들려 하고, 고고다이노 대원들은 공룡들을 지키기 위해 출동한다. 하지만 고고다이노 대원들은 블랙제니의 힘에 제압당하고, 결국 우르르 행성에서 가장 나이가 많은 암모나이트 할아버지에게 조언을 구한다.