우주세기 0093년, 네오지온의 총수인 샤아 아즈나불은 연방의 거대 우주 요새 액시즈를 지구에 떨어뜨려 핵겨울을 오게 만들 계획을 짠다. 그러나 그의 계획을 눈치챈 라이벌 아무로 레이는 신병기 뉴 건담을 이용해 샤아를 방해하기 시작한다.