C.E.(Cosmic Era)70년. ‘피의 발렌타인’의 비극으로 인한 지구와 플랜트 간의 긴장감이 무력 충돌로 발전된 가운데, 지구군의 승리로 예견되었던 전쟁은 교착상태에 빠져 어느덧 11개월이라는 시간이 흘렀다. 중립국 오브의 헬리오폴리스에서 평화로운 일상을 보내던 소년 키라 야마토는, 평소처럼 방문한 세미나에서 자프트에 의한 건담 탈취 작전에 휘말리게 되고 그곳에서 자프트 군의 파일럿이 된 옛 친구, 아스란과 운명적인 재회를 하며 새로운 갈등을 마주한다.