C.E.(Cosmic Era) 70년, '피의 발렌타인'의 비극으로부터 시작된 무력 충돌은 막대한 희생을 낳았고, 제2차 야킨 두에 공방전을 끝으로 마침내 자프트와 지구연합 간의 정전 조약이 체결되었다. 하지만 이 조약만으로 그들 사이의 전쟁의 씨앗이 완전히 사라진 것은 아니었다. 이러한 전란 속에서 '신 아스카'는 지구연합군의 오브 침공에 휘말려 피난 도중 눈앞에서 부모님과 여동생을 잃게 된다. 유일하게 남은 동생의 유품인 휴대전화를 움켜쥐고 슬픔에 잠겨 있던 그의 머리 위로, 이 전쟁의 원흉인 모빌 슈트 건담이 날아간다. 실의에 빠진 채 플랜트로 망명한 신 아스카. C.E. 73년, 그는 자프트의 병사가 되어있었다. 한편, 오브의 수장 '카가리 유라 아스하'는 플랜트 최고 평의회 의장, '길버트 듀랜달'과의 극비 회담을 위해 자프트의 신 공장인 아모리원을 방문하는데... 그때 갑자기 울리는 경보! 그들 앞에 수상한 무리가 나타난다.