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C.E.(Cosmic Era) 70년, '피의 발렌타인'의 비극으로부터 시작된 무력 충돌은 막대한 희생을 낳았고, 제2차 야킨 두에 공방전을 끝으로 마침내 자프트와 지구연합 간의 정전 조약이 체결되었다. 하지만 이 조약만으로 그들 사이의 전쟁의 씨앗이 완전히 사라진 것은 아니었다. 이러한 전란 속에서 부모님과 동생을 잃은 '신 아스카'는 C.E. 73년, 자프트의 병사가 되어있었다. 어느 날 우연히 알게 된 지구연합 특수부대 소속 '스텔라 루셰'를 적군으로 다시 조우하며 포로로 사로잡지만, 자신이 해줄 수 있는 것이 아무것도 없다고 생각한 신. 이윽고 그녀가 곧 죽을지도 모른다는 사실을 알게 되자 그녀를 몰래 탈출시킬 계획을 세운다. 한편, 플랜트의 '길버트 듀랜달' 의장은 전쟁의 원흉으로 '로고스'를 지목, 주요 인물들을 공표하며 그들을 규탄할 것을 주장하는데...