C.E.(Cosmic Era) 70년, '피의 발렌타인'의 비극으로부터 시작된 무력 충돌은 막대한 희생을 낳았고, 제2차 야킨 두에 공방전을 끝으로 마침내 자프트와 지구연합 간의 정전 조약이 체결되었다. 하지만 이 조약만으로 그들 사이의 전쟁의 씨앗이 완전히 사라진 것은 아니었다. 이러한 전란 속에서 부모님과 동생을 잃은 '신 아스카'는 C.E. 73년, 자프트의 병사가 되어있었다. 신의 합동 공격에 고전하는 '키라 야마토', 이때 '아스란 자라'가 나타나 신을 압도한다. 더 이상의 전투는 무의미하다고 판단한 자프트의 '탈리아' 함장은 전함 미네르바에 후퇴할 것을 명령, 양측 모두 아무것도 얻지 못한 채 싸움은 끝이 난다. 이튿날, 오브의 수장 '카가리 유라 아스하'는 플랜트의 '길버트 듀랜달' 의장에 대한 공식적인 반대 성명을 발표하는데...