새로운 대부가 된 마이클 꼴레오네는 변화된 시대에 맞추어 가족 사업을 합법적인 기업으로 확장시키려고 노력한다. 한편, 아버지 비토 꼴레오네의 과거 사연이 등장한다. 시실리의 꼴레오네라는 작은 마을에서 살고 있던 비토 꼴레오네는 어린 시절에 자신의 아버지가 그 지방의 마피아 두목을 모욕했다는 이유로 아버지와 형, 어머니를 모두 잃고 혼자 미국 땅으로 건너온다. 미국으로 건너온 뒤, 비토 꼴레오네는 타고난 배짱으로 같은 이탈리아 이민자들을 상대로 뒤를 봐준다며 상납금을 받던 '보스'를 없앤 뒤, 사업을 확장해간다. 아버지 비토 꼴레오네의 사업을 이어받아 후계자가 된 마이클은 쿠바까지 사업을 확장하려하지만, 쿠바에서 일어난 반군 사태로 가까스로 미국으로 되돌아온다. 미국으로 돌아온 뒤, 다른 패밀리의 배반으로 '마피아' 청문에까지 서게 되는데.. 그 일을 겪으며 문제가 되는 적들을 모두 제거하기로 결심한다.