12살 소년 나노는 악당 슐로터 박사에게 조종당하는 할아버지를 구하기 위해서 릴리와 함께 초소형 캡슐에 탄 채 할아버지의 몸속에 들어간다. 두 아이는 슐로터 박사가 심어 놓은 고봇을 제거하러 가는 동안 인체의 신비에 대해 배우게 된다.