무자비한 범죄를 저지르며 제국을 건설한 마이클 콜레오네는 말년에 접어들어 자신의 인생을 돌아보며 후회에 젖는다. 그에게 남은 유일한 기쁨은 순수한 마음을 가진 딸 메리뿐이다. 이에 그는 불법적인 사업을 모두 청산한 후 아들 안소니를 후계자로 삼아 은퇴하려고 하지만, 안소니는 아버지의 뜻에 따르지 않는다. 한편 소니 콜레오네의 아들 빈센트가 삼촌인 마이클을 찾아오고, 빈센트와 함께 마지막 사업을 진행하던 그는 새로운 위협을 마주한다.

감독 프란시스 포드 코폴라