초엘리트 학교 Y 학원에 숨겨진 비밀을 풀어라! 지금, 새로운 요괴워치가 돌아가기 시작한다! 오직 최상위 능력자들만 입학할 수 있는 Y 학원. 이곳에 특별한 'YSP 선출기준'으로 선발된 '지묘한'이 들어온다. 지묘한과 친구들은 Y 학원에서 벌어진 사건 해결 임무를 받게 되고, 수수께끼 아이템 'YSP워치'로 골치였던 학교 폭력 사건을 해결하는 데 성공한다. 그리고, 그들 앞에 불가사의한 사건들이 연이어 일어나기 시작하는데! YSP워치의 숨겨진 힘과 거대 변신 로봇의 정체는? Y 학원의 비밀을 둘러싼 요절복통 파란만장 요괴 모험 활극이 시작된다!