평화롭던 지구는 어느새 악한 외계 괴물들로부터 공격을 받자 울트라맨 삼총사는 마지막 희망이자 유일하게 지구상에 남은 인간들을 구하기 위해 출동한다. 하지만 예상치 못한 하이퍼 젯톤의 등장으로 울트라맨 삼총사는 흔들리기 시작한다.