제2차 세계 대전이 한창이던 때, 미 해군 잠수함 썬더피쉬의 부함장인 기포드 소령은 수녀님과 아이들을 진주만의 함대로 구출하는 작전에서 성공한다. 그런데 이후 기포드 소령이 평소 친아버지처럼 잘 따르던 페리 함장이 잠수함을 끌고 출동하였다가 일본군에 의해 목숨을 잃게 되고, 이에 페리 함장의 동생 밥은 기포드에게 누명을 씌운다.