북극의 '제1차 창궁작전' 이후, 페스툼들은 군체활동을 포기하고 객체로써 활동을 시작한다. 그들은 여전히 인류와 싸우기도, 인류와 공존을 바라기도 하는 등 여러 상태를 선택하기 시작해 세계는 또다른 혼돈에 빠진다. 2148년, 싸움이 끝난 타츠미야섬은 평화를 돌려받았다. 카즈키는 존재가 소멸하면서도 언젠가 돌아오겠다 약속한 소우시가 돌아올거라 깊게 믿으며 살아가고 있었다. 섬 축제의 날, 섬에서 최초로 자연수태를 통해 태어난 히노 미우가 마야로 선택된다. 미우는 '커다란 배가 온다.'고 말하고, 그 말대로 한척의 배와 인간의 무기를 쓰는 새로운 페스툼 '에로우스형'이 출현한다. 다시금 파프너에 올라탄 카즈키 일행은 고전끝에 페스툼을 물리친자. 배에서는 한 소년이 내린다. 그의 이름은 쿠루스 미사오. 북극에서 새로 생성된 밀의 페스툼이라 밝힌 미사오는 페스툼과 인간의 평화공존을 목적으로 왔다고 밝힌다.
