4명의 닌자걸스는 도쿄타워를 사수하라는 특명을 받고, 오사카의 아저씨 악당들을 찾아내기 위해 계획에 착수한다. 이윽고 예상치 못한 난항에 직면한 소녀들은 이에 굴하지 않고 무사히 도쿄타워를 지켜내려 한다.