외계인에게 납치된 사람들이 정체불명의 가해자들에 의해 산채로 파묻히자, 요원들은 이 사건이 외계인 식민지화와 관련이 있다는 증거를 찾는다.
이상한 바위 안에서 점성이 있는 치명적인 유기체가 발견되자 요원들은 바위의 근원을 알아내기 위해 경쟁한다.
멀더와 스컬리는 외계인의 계획적인 지구 식민화에 관한 더 많은 증거를 찾아내고, 자유를 위한 인류의 마지막 연결고리일지 모르는 존재를 지킨다.
7년 전의 사건 현장으로 돌아온 멀더와 스컬리. 그곳에서 마주친 UFO 때문에 파트너인 두 사람은 영영 헤어질지도 모르는데…
멀더는 마운트 웨버 기지에 무단으로 접근하려다 슈퍼 솔저를 살해한다. 체포된 멀더는 군사 재판에 넘겨지고 약물 주사 사형 선고를 받는다. 그러나 스키너, 더겟, 레이스가 멀더를 석방하고 스컬리와 함께 당장 미국을 떠나라고 조언하지만, 그는 진실을 찾는 것을 포기하고 싶지 않다.