맥스 마티니

피터는 재판의 증인의 위치를 팔아넘긴 혐의로 기소된 동료 FBI 요원이 무고하다고 확신한다. 미국 연방 보안관 사무소의 수장이 범인이라는 증거가 나오자, 피터는 자신의 직위가 위태로워지는 걸 감수하고 기소된 요원의 누명을 벗기기 위해 그를 데리고 도망친다.

인터넷 보안 회사에 들어온 남자가 사장을 포함한 전 직원을 총과 칼로 무참히 살해하는 사건이 일어난다. 현장을 확인한 행동분석팀은 범인이 여느 연쇄 살인범과 달리 고도로 훈련받은 사람일 것이라고 추정한다. 한편, 다시 돌아온 프렌티스는 모건의 감독 아래에서 훈련을 받아야 하는데…

두 갱단이 관리하는 도시에서 이발사 한 명이 살해되면서 갱단 간 전쟁의 불씨가 점점 타오른다. 한편, 사건 현장을 살펴보던 릭스비는 총에 맞아 중상을 입은 아버지를 발견한다.

베켓은 12년 전 발생한 어머니의 살해 사건 담당이었던 래글런 형사에게 전화를 받고 커피숍에서 만나기로 한다. 래글런은 어머니 사건에 대해 알려줄 게 있다며 19년 전의 사건을 얘기하다 건너편 건물에서 날아온 총알을 맞고 사망한다. 베켓은 래글런의 동료인 맥캘리스터를 만나 래글런이 예전에 시먼스란 마약상의 운반책이었다는 사실을 듣고 그를 조사한다. 베켓은 시먼스가 12년 전 어머니의 마약 퇴치 운동 장소였던 워싱턴 하이츠 지역을 중심으로 활약했던 마약상이란 사실을 알고 그를 잡아들인다. 하지만 시먼스는 래글런이나 베켓 어머니의 죽음과 관련이 없는 것으로 밝혀진다. 캐슬과 베켓은 12년 전의 사건이 발생한 뒷골목에서 19년 전에도 살인 사건이 벌어졌다는 것을 알고 수사에 착수한다. 수사 팀은 19년 전 살해당한 인물이 마피아에 잠입해 있던 FBI 요원 밥 아먼이었으며, 살인범으로 지목된 풀가티가 현재 복역 중임을 알게 된다. 풀가티를 만나러 간 베켓과 캐슬은 아먼을 죽인 범인은 다름 아닌 래글런과 맥캘리스터를 포함한 경찰들이었다는 것과 변호사였던 어머니가 풀가티의 누명을 벗기고자 항소를 준비했다는 사실을 알게 된다. 다시 잡혀 온 맥캘리스터는 19년 전 FBI 요원 살해 사건에 대해서는 인정했지만 레글런이나 베켓의 어머니는 자신이 죽인 게 아니고, 배후에 엄청난 존재가 있음을 암시한다. 한편, 래글런의 저격범 록우드를 추적하다 그에게 잡힌 라이언과 에스포지토는 위험한 순간을 맞이하고, 캐슬과 베켓의 도움으로 무사히 구출된다. 체포된 록우드는 자신을 고용해 베켓의 어머니를 죽이도록 한 인물을 끝까지 말하지 않는다

베켓은 어머니를 죽인 인물이 누구인지 묻기 위해 록우드를 만나러 간다. 하지만 록우드는 격리 수감실에서 일반 수감실로 옮겨진 상태. 놀란 베켓은 일반 수감실로 가지만, 이미 록우드가 맥캘리스터를 살해한 후다. 맥캘리스터는 래글런 형사와 함께 과거 FBI 요원 밥 아먼을 살해했던 부패 경찰 중 하나이다. 베켓의 어머니는 밥 아먼을 죽였다고 잘못 기소된 조폭 풀가티의 누명을 벗겨 주려다 살해당했다. 교도소에서 사람을 죽인 록우드는 재판을 받고, 베켓과 캐슬은 재판에 참석했다가 록우드의 탈출 장면을 목격한다. 그렇게 베켓 어머니의 살해 사건에 연루된 모든 사람은 죽거나, 도망친 상태가 된다. 사건이 미궁으로 빠지는가 싶더니 캐슬이 지난 서류가 조작된 사실을 알아낸다. 라이언과 에스포지토 형사는 과거 기록 보존실에 근무했던 경찰을 찾아갔다가, 래글런, 맥캘리스터 외에 사건 당일 한 명의 경찰이 더 있었으며, 그 인물이 다름 아닌 몽고메리 반장이란 놀라운 사실을 알게 된다. 과거의 잘못을 참회하고 베켓을 위해 모든 것을 깨끗이 마무리 지으려는 몽고메리 반장은 미끼가 된 후 총격전을 벌이다 록우드와 사망한다. 록우드의 고용인은 끝내 밝혀지지 않고, 몽고메리의 장례식에서 베켓은 의문의 저격범으로부터 총을 맞고 쓰러진다. 캐슬은 쓰러진 베켓에게 사랑한다며 죽지 말라고 말한다.