USS 시애틀 호의 의무 장교인 스티브 올브라이트 대위. 스티브는 자신의 친구이자 잠수함 부함장인 제이슨 피어스 소령이 권총으로 자살한 사건이 아무래도 수상하다며 몽크를 찾아와 잠수함을 확인해 달라고 한다. 하지만 딱 3분이라고 약속하고 겨우 잠수함에 들어간 몽크는 갑작스러운 비상 훈련으로 함께 출항하게 된다. 결국 몽크는 상상 속의 벨 박사가 조언한 대로 사건 수사에 전념한다.
12년 전 트루디가 죽던 그 시각, 조산사 실종 사건을 수사 중이었던 몽크. 당시 얘기를 나눴던 의사가 사망하면서 12년이 지나, 다시 같은 병원을 찾게 된다. 한편, 몽크는 내털리의 집에서 식사를 하던 도중 갑자기 쓰러지고 의사는 독극물 중독으로, 누군가 독살을 시도한 것 같다고 추측한다.
트루디가 남긴 비디오테이프 덕분에 트루디의 죽음과 12년 전 조산사 실종 사건 그리고 최근 분만 센터 의사의 죽음까지 모든 걸 알게 된 몽크. 독물 중독으로 생사의 갈림길에 선 몽크는 직접 모든 걸 끝내기 위해 병원을 탈출한다. 한편, 몽크의 짐을 챙기던 내털리에게도 몽크와 같은 독물 중독 증상이 나타난다.