고위층 남성 전용 클럽에서 한 여성이 변사체로 발견된다. 완벽해 보이는 클럽에 피해자가 콜걸로 출입했다는 사실이 밝혀지자, 제인은 살인범을 찾고자 치밀한 연극을 계획한다.
연인으로 발전한 제인과 리스본은 동료들에게 관계를 숨긴 채 복귀해 FBI 요원 살인 사건을 수사하고, 전근 간 킴 피셔를 대신해 신입 요원 미셸 베가가 합류한다.
제인은 우연히 맞닥뜨린 수상한 남자를 미행하다가 납치된 소녀를 발견하고, 납치범의 행적을 좇으며 거대한 인신매매 조직의 정체를 알게 된다.
제인이 매컬리스트 살인 혐의로 연방 대배심의 판결을 받게 되고 리스본과 피셔는 증인으로 소환된다. 한편, 인신매매범이 납치한 소녀들의 장기를 적출하고 있다는 사실이 드러난다.
제2의 9/11 사건' 이후 거의 3개월이 지난 시점, CIA 대테러센터 폭파 용의자 닉 브로디의 행방은 여전히 묘연하다. 사울은 폭파 사건과 관련된 테러리스트를 목표로 무모한 반격 작전을 짜지만, 캐리가 상원 의원의 청문회 대상으로 찍히면서 사울의 CIA 부활 계획은 위기를 맞는다. 해병대 측의 조롱을 받으며 쫓겨난 브로디 가족은 데이나의 파괴적인 행동을 다잡으려 애쓴다.
