외계인의 침략을 피해 인류가 달로 도망친 세상, 요르하 부대의 전투형 안드로이드 2B는 작전 중 스캐너형 안드로이드 9S를 만나게 된다.

자아를 얻은 한 기계 생명체가 레지스탕스를 파괴하는 사명을 제쳐두고 꽃을 키우기 시작한다. 2B와 9S는 요르하와 레지스탕스 간의 연락망을 재구축하려 한다.

릴리를 구출한 2B와 9S는 그녀의 안내를 받아 레지스탕스 캠프에 도착한다. 레지스탕스의 잭애스는 2B와 9S에게 특이점을 보이고 있는 사막 지대의 기계 생명체에 대해 말해준다.

사막 지대에서 안드로이드형 기계 생명체와 조우한 2B와 9S는 근처의 놀이공원에서 실종된 요르하 부대원을 수색하는 임무를 받게 된다.

2B와 9S는 릴리로부터 기계 생명체 마을에 물자를 전달해 달라는 부탁을 받게 된다. 마을의 촌장인 파스칼을 만난 2B와 9S는 인간 마을과 다를 것 없는 풍경을 보고 놀란다.

9S, 릴리와 함께 기계 생명체 감지 시스템을 설치하러 나선 2B는 릴리로부터 요르하와 레지스탕스의 첫 만남에 대해 듣게 된다.