평범한 남고생 타이주는 5년 동안 짝사랑하던 '유즈리하'에게 드디어 오늘 고백하기로 결심한다. 마침내 자신의 마음을 털어놓으려던 순간, 알 수 없는 빛이 지구를 덮치고 모든 인류가 돌로 변해 버렸다. 타이주는 돌 속에 갇혀서도 유즈리하를 향한 마음을 잊지 않고 살아남겠다고 다짐한다. 그리고 수많은 세월이 흐르고 드디어 타이주가 돌에서 깨어나는데...

모든 인류가 돌로 변한 세상에서 깨어 있는 사람은 오직 두 명의 고등학생, 센쿠와 타이주. 두 사람은 갖은 노력 끝에 만들어낸 부활액으로 첫 번째 동료를 깨우려 한다. 타이주는 자신이 짝사랑하던 유즈리하를 제일 먼저 깨우려 했지만 갑자기 나타난 사자 무리로 인해 두 사람은 쫓기는 신세가 된다. 어쩔 수 없이 강한 무력을 지닌 '영장류 최강의 고등학생' 시시오 츠카사를 먼저 깨우는데...

센쿠는 시시오 츠카사가 위험한 인물이라는 걸 깨닫고 석화 부활액 만드는 법을 감추려 한다. 하지만 바로 그 순간, 해맑게 달려오던 타이주 때문에 기적의 물의 존재를 들키고 만다. 센쿠는 츠카사가 동굴로 간 사이에 부활액으로 유즈리하를 깨우고 셋이 함께 츠카사와 맞설 방법을 고민하기 시작한다. 하지만 곧장 돌아온 츠카사는 자신을 방해하지 말라며 유즈리하를 두고 협박을 하는데...

츠카사와 맞서기 위해 온천 지대로 온 센쿠는 온천에서 모은 유황에 목탄과 질산 칼륨을 조합해서 화약을 만들기 시작한다. 하지만 제조 과정에서 실수로 화약이 폭발하고 연기가 나자 저 멀리 어딘가에서 마치 그 연기에 화답하는 것처럼 연기가 피어오른다. 센쿠는 그 연기를 보고 우연이 아니라 인간이 만든 봉화라고 직감한다. 그리고 자신의 목숨이 위험해질 거라는 걸 알면서도 봉화가 맞는지 확인하기 위해 다시 불을 피우는데...