타이주는 자신이 짝사랑하던 유즈리하에게 속마음을 고백하기로 마음먹는다. 떨리는 마음으로 그녀에게 진심을 전하려던 순간, 갑자기 수상한 섬광이 지구를 덮쳐버리며 모든 인류가 돌로 변해버리고 만다.

수천 년 만에 부활한 타이주는 자신과 센쿠만 돌에서 나왔다는 사실을 알게 된다. 이후 가까스로 부활액을 만들어낸 두 사람은 유즈리하를 깨우기로 하지만, 갑작스러운 사고가 발생하고 만다. 결국, 타이주는 유즈리하가 아닌 다른 사람을 부활시켜야만 한다.

센쿠는 시시오 츠카사가 위험한 인물이라는 걸 깨닫고 석화 부활액 만드는 법을 감추려 한다. 하지만 바로 그 순간, 해맑게 달려오던 타이주 때문에 기적의 물의 존재를 들키고 만다. 센쿠는 츠카사가 동굴로 간 사이에 부활액으로 유즈리하를 깨우고 셋이 함께 츠카사와 맞설 방법을 고민하기 시작한다. 하지만 곧장 돌아온 츠카사는 자신을 방해하지 말라며 유즈리하를 두고 협박을 하는데...

츠카사와 맞서기 위해 온천 지대로 온 센쿠는 온천에서 모은 유황에 목탄과 질산 칼륨을 조합해서 화약을 만들기 시작한다. 하지만 제조 과정에서 실수로 화약이 폭발하고 연기가 나자 저 멀리 어딘가에서 마치 그 연기에 화답하는 것처럼 연기가 피어오른다. 센쿠는 그 연기를 보고 우연이 아니라 인간이 만든 봉화라고 직감한다. 그리고 자신의 목숨이 위험해질 거라는 걸 알면서도 봉화가 맞는지 확인하기 위해 다시 불을 피우는데...

츠카사와 센쿠의 의견 차이로 큰 문제가 발생하자, 츠카사는 유즈리하를 인질로 잡아버린다. 유즈리하는 무시무시한 츠카사의 말을 듣고 두려움에 떨고, 센쿠는 그녀를 구하기 위해 목숨을 바치기로 한다.

혼자 스톤 월드에서 부활한 센쿠는 친구인 타이주를 부활시키기 위해 인류가 석화된 원인을 분석한다. 생각에 생각을 거듭한 끝에 자신이 부활하게 된 힌트를 찾은 센쿠는 끊임없는 실험과 흔들리지 않는 신념으로 결국 타이주를 깨우는 데 성공한다. 그렇게 깨어났던 타이주 역시 센쿠가 정신을 잃었을 때 센쿠가 깨어날 것이라고 굳게 믿는다. 그리고 친구의 믿음에 응답하듯이 센쿠는 서서히 정신을 차리는데...