혼돈계의 신왕이 삼계의 패주가 되기 위해 일으킨 신마대전으로 평화롭던 삼계는 전쟁의 불길에 빠지고 백성들은 도탄에 빠졌다. 여와신은 신왕의 폭주를 막기 위해 여러 신과 연합하여 신왕을 봉인하고 만일의 위기에 대비하기 위해 씨앗을 남겨 둔다. 그렇게 시간이 흐른 어느 날, 여미는 사존 전재도인의 명을 받고 기씨 부족의 청년 기녕에게 흑백학궁 특초령을 전하러 가는데...

기일천이 친 결계에 갇혀 있던 기녕과 기농은 뒤늦게 결계를 깨고 전장으로 나가지만, 기일천은 결국 부족원들을 위해 자기 목숨을 희생한다. 설룡산 부족은 신자령을 얻기 위해 계속 공격을 가하고, 추엽은 남편 기농을 구하다가 결국 목숨을 잃는다. 한편, 검에 맞고 익사호로 빠진 기녕은 적성부의 주인 황백을 만나 목숨을 건지고, 황백의 도움으로 강한 공력을 가지게 되는데...

신자령을 빼앗기 위해 다시 기씨 부족을 공격하러 간 허리진인과 농자도는 공력이 강해진 기녕과 뒤늦게 도착한 북산씨 응룡위의 협공으로 결국 신자령을 포기하고 돌아간다. 설룡산과의 전투로 아버지와 추엽, 그리고 많은 부족원을 잃게 된 기녕은 각성하고 좀 더 강해지기 위해 여미를 따라 흑백학궁으로 떠난다. 학궁에 도착한 기녕과 기농은 그곳에서 추엽을 보게 되는데...

흑백학궁에 입학한 기녕과 기농은 의술을 전공하는 구련과 괴뢰술을 전공하는 목자삭을 만나 함께 수련하며 학궁 생활에 점차 적응해 나간다. 학궁에서는 매년 제자들끼리 실력을 겨룰 수 있는 논도 대회를 진행하는데, 학생들은 논도 대회에서 우승하기 위해서 최선을 다해 공법을 익히고 수련에 박차를 가한다. 그러던 어느 날, 기농과 기녕은 검은 옷을 입은 정체 모를 누군가의 공격을 받는데...

빨리 강해지고 싶었던 기농은 장경각에 매일 몰래 들어가 사술을 연마한다. 논도 대회 당일, 처음으로 연무대에 올라간 기농은 무서운 괴력을 발휘하며 사존들의 의심을 사게 되고, 결국 사술을 몰래 연마한 걸 들켜 수련한 공력을 모두 잃은 채 학궁에서 쫓겨난다. 기농은 기씨 부락으로 돌아가지 않고 사막을 떠돌다가 동칠의 눈에 띄게 되는데...

기녕은 응룡위에서 발포한 영웅령을 받고 여미와 함께 요수 적망사를 잡으러 풍림곡으로 떠난다. 여미는 적망사를 공격하다가 부상을 당하고 기녕은 여미를 데리고 익사호 밑에 있는 적성부로 가서 황백에게 도움을 청한다. 황백에게 적망사를 무찌를 수 있는 공법을 배운 두 사람은 결국 적망사를 쓰러뜨리지만, 공청이라는 소녀가 나타나 적망사를 죽이지 말라고 부탁하는데...