모두가 잠든 깊은 밤중, 너구리는 누군가가 알을 낳아 땅속에 묻고 사라지는 것을 목격한다. 명탐정 피트와 숲속 수사대 친구들은 너구리의 증언을 토대로 여러 동물과 곤충들을 대상으로 수사를 진행한다.

숲속 수사대로 활동하는 몰리는 평소에 친하게 지내던 개미들로부터 수상한 소식을 듣는다. 개미들이 하나둘 말도 없이 사라지는 사건이 번번이 일어나자, 몰리는 개미를 납치해간 범인을 찾기 위해 고군분투한다.

몰리가 아끼는 카메라가 흔적도 없이 사라지는 사건이 발생하고, 카메라를 찾아 헤매던 숲속 수사대는 누군가의 집에서 모아놓은 다른 물건들과 함께 놓여있는 카메라를 발견하게 되고, 집의 비밀을 풀기 위해 조사를 시작한다.

파리와 개미가 숲에서 누군가로부터 심한 공격을 당해 세상을 떠나고 만다. 두꺼비인지 개미귀신인지, 범인에 대해 확신하기 어려운 상황 속에서 아무도 예상하지 못했던 인물이 범인으로 드러난다.

숲속 친구들 모두가 잠든 평화로운 어느 날 밤, 어디선가 한바탕 치고받고 싸우는 소리가 들려온다. 숲속 수사대는 목격자들의 진술을 토대로 싸움을 벌인 범인을 찾기 위해 본격적인 수사를 벌인다.

절대 움직일 수 없을 것만 같은 돌이 스스로 움직인다. 그런데 자세히 들여다보니 나뭇잎도 움직이는 것 같다. 어떻게 돌과 나뭇잎이 스스로 움직일 수 있는지 알아보고, 이들의 정체를 파헤쳐본다.