진은 이터널코어 사고로 부모를 잃고 할머니와 단둘이 사는 소년가장이다. 친구들은 공룡 테마파크로 수학여행 가는데, 진은 돈을 벌기 위해 험지로 배달 아르바이트를 가야한다. 같은 시각, 남극의 빙하 속에서 발견한 적룡을 수송하던 디아머 차량은 기계공룡군단의 습격을 받는다. 그 장소는 다름 아닌 진이 배달 가는 곳. 진은 우연히 디아머와 기계공룡군단의 전투에 휘말리고, 그곳에서 적룡과 운명적으로 조우한다.

민간군수 업체 회장인 카이저는 기계공룡군단의 의뢰를 받아 지구에 흩어진 이터널코어를 찾고 있다. 적룡이 세상에 나오자 기계공룡군단이 직접 움직인 것에 의문을 품은 카이저. 진에 대해 알아보라고 명령한다. 마침, 진은 전학수속을 밟기 위해 이전 학교로 향한다. 디아머에 대해 아무것도 말하지 말라는 교관의 명령을 어기고 절친을 옥상에 데려가 자신이 타고 온 무인 조종 헬기를 자랑하는 진. 바로 그때 카이저의 드론이 진을 발견해 납치를 시도한다. 때맞추어 출동한 가디언즈 덕에 위기를 모면하는 진. 하지만 자신에게 발생하는 이상한 사건들에 마음이 무겁다.

디아머는 비밀리에 존재하는 유엔 산하 기관이다. 지구에 흩어져 있는 이터널코어가 기계공룡군 단에 들어가지 않도록 아머를 장착한 공룡을 조정할 수 있는 10대 링커들을 양육해 실제 전투에 투입 시킨다. 디아머의 사령관은 진이 적룡과 교감하는 모습을 보고, 길들여지지 않은 적룡을 조종할 수 있는 링커를 찾은 기대감에 교감테스트를 지시한다. 하지만 불합격 판정을 받은 진. 아쉬 움을 안고 집으로 돌아가는데, 적룡이 디아머의 최고 링커인 세나와 교감테스트를 받다가 뛰쳐나가 진을 쫓는다. 적룡을 막으려던 세나는 적룡에게 잡아 먹힐 위기에 처하고, 진이 끼어들어 흥분 한 적룡을 진정시킨다. 그 모습을 지켜본 사령관은 디아머 아카데미에 진을 특례입학 시킨다.

디아머 아카데미는 공룡과 링커들의 교감을 위해 영유아 때부터 공룡과 함께 링커들을 훈련시킨다. 그 중에서도 극소수만이 최고 그룹인 S링커가 될 수 있다. 단 한번도 훈련을 받은 적 없는 진이 들어오자, 양산형인 A링커들은 노골적으로 반감을 드러낸다. 디아머에 유일하게 존재하는 1세 대 링커 한결만이 진을 따뜻하게 대할 뿐이다. 성인이 되어갈수록 공룡과 교감이 힘들어 사춘기를 지나며 은퇴하는 경우가 대다수인데, 19살에도 현역으로 있는 한결은 현존하는 전설과 다름없다. 그런 한결이 자신의 편이 되어주자 진은 마냥 기쁘다.

모든 훈련에서 형편없는 성적을 기록한 진, 적룡과 합체도 실패하며 링커들의 비웃음을 산다. 그 후, 사령관의 지시로 기지 밖에 나갔던 진과 적룡은 카이저군에게 납치될 위기에 처한다. 인근에 있던 한결은 사령부에 도움을 요청하지만, 디아머 전체가 블랙아웃이 된다. 합체하지 못하면 살아남을 수 없는 위기의 순간! 기적적으로 적룡과 합체하는 진. 하지만 적룡을 조정하는데 실패해, 자신을 구하러 와준 한결을 들이받고 만다. 그때 한결은 파트너 공룡과 교감이 완전히 끊겨버린다.

한결이 병원에 입원하자, 죄책감에 빠진 진. 격리실에 갇힌 적룡을 찾아가 불같이 화를 낸다. 그런데 바로 그때, 진과 적룡은 최고의 교감상태를 보인다. 이를 보고 받은 사령관은 합체 테스트를 지시하고, 진과 적룡은 안정적으로 합체에 성공한다. 용후는 첫 출격에서 성공적으로 임무를 수행 해 모두의 기대에 부응한다. 한편 블랙아웃 사건을 조사하던 감찰팀장은 내부에 적과 내통한 자 가 있는 것 같다며, 부사령관에게 도움을 요청해 은밀히 사령부 전체를 조사하기 시작한다.