쿠누기가오카 중학교 3학년 E반. 그곳에는 문어의 생김새를 할 노란색 생물체가 담임을 맡고 있다. 3학년 학기초 만월의 달을 초승달 모양으로 파괴해 버린 생물체는 1년이라는 유예기간을 두고 쿠누기가오카 중학교 3학년 E반으로 들어오고. E반 학생들은 1년 동안 담임을 암살하라는 국가의 요청을 받고 암살자가 되어 백억 엔의 현상금이 걸린 담임 선생님을 노리기 시작한다

야구부 출신이었다가 E반에 들어오면서 부활동 금지를 당한 스기노. 스기노는 야구공을 이용한 살생님 암살을 꿈꾸지만, 자신의 느린 공에 살생님이 쉽게 피해버리자 크게 실망한다. 한편 갑자기 뉴욕으로 야구 관전을 떠나는 살생님. 모든 건 스기노의 몸에 맞는 해결책을 주려는 살생님의 계획이었는데.

정학에서 풀려 3학년 E반으로 돌아온 아카바네 카르마. 카르마는 생각지도 못한 방법으로 살생님을 공격해오고 결국 처음으로 살생님에게 부상을 입히는 데 성공한다. 하지만 선생님이란 존재를 증오해 오던 카르마에게 살생님만의 손질이 시작되고. 이전처럼 살생님에게 암살이 통하지 않자 카르마는 초조해 하기 시작한다.

편의점 앞에서 우연히 아리따운 여성을 구해준 살생님. 그런데 그 여성이 3학년 E반으로 부임해 온다. 여성의 이름은 이리나 옐라비치. 그녀는 살생님을 해치우기 위해 국가가 고용한 전문 암살자였던 것이다. 반 학생 모두가 지켜보는 가운데 이리나는 미인계를 사용해 살생님을 유혹하기 시작하고, 어처구니 없게 이리나의 유혹에 빠져들어 가는 살생님을 보며 학생들은 당황하는데.

한 달에 한 번 열리는 전교생 집회의 날. E반 학생들은 이날마다 산을 내려와 본 교사를 향한다. 하지만 언제나처럼 전교생들과 섞이지 못한 채 놀림거리로 전락하는 E반. 그러나 전교생들의 비웃음 속에 분함을 삭혀야만 하는 E반 학생들 앞에 살생님이 나타나고 E반 학생들은 처음으로 전교생들 앞에서 당당히 웃음을 터뜨린다.

나기사가 D반 아이들에게 대든 문제로, 학교 이사장이 살생님을 찾아온다. E반을 E반으로 남겨야 한다는 이사장의 방침에 분노한 살생님. 살생님은 E반을 위하여 중간고사 준비에 더욱 총력을 기울인다. 하지만 살생님의 마음을 몰라주는 아이들은 공부보다는 암살에 관심을 보이고. 결국 화가 난 살생님은 아이들에게 무시무시한 협박을 가한다.