안티스킬은 한밤중에 공기 연구시설에 침입한 도둑들의 뒤를 밟는다. 한편, 입원 중인 액셀러레이터는 머리의 붕대를 풀게 되고, 라스트 오더는 그를 위해 무언가를 준비한다. 연구시설에서 비밀 병기를 훔친 도둑들은 액셀러레이터를 찾아 병원으로 오고, 이미 그들을 기다리고 있던 안티스킬과 충돌한다.

다리에서 뛰어내린 한 소녀는 구급차에서 정신을 차리지만, DA라는 조직에 속한 정체불명의 인물들에게 죽임을 당하고 만다. 한편, 안티스킬은 생물의 시체를 조종하는 능력을 가진 침입자를 쫒는다. 침입자는 액셀러레이터에게 도움을 청하지만 추격자들에게 포획당하고, 액설러레이터는 침입자가 흘린 사진을 발견한다.

에스텔 로젠탈과 액셀러레이터는 그녀가 감금돼있었던 창고로 향한다. 창고 안에서 에스텔과 액셀러레이터는 '궁기'라는 병기를 통해 히시가타 미키히코를 만난다. 이후, 라스트 오더는 액셀러레이터와 함께 있던 에스텔을 질투하고, 에스텔은 처음 가보는 패밀리 레스토랑에서 점심을 먹는다. 히토카와 하사미의 시체에서 희한한 물건이 발견됐다는 헤븐 캔슬러의 말을 들은 에스텔과 액셀러레이터는 영안실로 향한다.

에스텔이 주입시킨 유사 혼백 카토로 인해 히토카와 하사미는 다시 깨어나고, 액셀러레이터는 그녀를 제거하러 온 DA의 요원들과 싸운다. 아직 완전치 못한 몸으로 무리한 액셀러레이터는 쓰러지고, 도주하던 DA의 요원은 자신을 저지하려던 시스터즈의 미사카를 납치한다. 한편, 히시가타의 제안을 들은 나키모토는 DA를 처리하기 위해 스캐빈저를 고용한다.

안티스킬은 DA의 본거지를 알아내어 공격을 감행한다. 한편, 에스텔은 카토와 함께 납치된 시스터즈의 미사카를 뒤쫓고, 라스트 오더는 병상에 누운 액셀러레이터를 간호한다. 스폰서에게 버림받은 DA는 안티스킬의 공격으로 궁지에 몰리게 되고, DA의 간부들은 히시가타에게 상황을 역전시킬 수 있는 병기의 사용을 요청한다.

에스텔과 카토 그리고 안티스킬의 요미카와는 납치당한 시스터즈의 미사카를 구하기 위해 갑자기 나타난 스캐빈저에 맞서 싸운다. 요미카와는 선생들을 향한 증오로 가득 찬 스캐빈저에 의해 상처를 입고, 에스텔과 카토는 우월한 능력의 상대로 인해 고전한다. 기쁨도 잠시, 살육을 놀이 마냥 즐거워 하던 스캐빈저 앞에 액셀러레이터가 나타난다.