초능력자를 양성하는데 특화된 학원도시, 이곳의 최강자인 레벨5 액셀러레이터는 라스트 오더를 구하다 얻은 상처로 인해 병원에 입원 중이다. 어느 날, 병원에 에스텔 로젠탈이라는 사령술사가 나타나고, 액셀러레이터는 그녀를 쫓던 DA라는 조직과 대치하게 된다. 이를 통해 액셀러레이터는 DA의 배후에 시스터즈를 이용하려는 자들이 있다는 것을 알게 된다.
에피소드 1
학원도시 최강 능력자
안티스킬은 한밤중에 공기 연구시설에 침입한 도둑들의 뒤를 밟는다. 한편, 입원 중인 액셀러레이터는 머리의 붕대를 풀게 되고, 라스트 오더는 그를 위해 무언가를 준비한다. 연구시설에서 비밀 병기를 훔친 도둑들은 액셀러레이터를 찾아 병원으로 오고, 이미 그들을 기다리고 있던 안티스킬과 충돌한다.
에피소드 2
사령술사
다리에서 뛰어내린 한 소녀는 구급차에서 정신을 차리지만, DA라는 조직에 속한 정체불명의 인물들에게 죽임을 당하고 만다. 한편, 안티스킬은 생물의 시체를 조종하는 능력을 가진 침입자를 쫒는다. 침입자는 액셀러레이터에게 도움을 청하지만 추격자들에게 포획당하고, 액설러레이터는 침입자가 흘린 사진을 발견한다.
에피소드 3
사흉의 부적
에스텔 로젠탈과 액셀러레이터는 그녀가 감금돼있었던 창고로 향한다. 창고 안에서 에스텔과 액셀러레이터는 '궁기'라는 병기를 통해 히시가타 미키히코를 만난다. 이후, 라스트 오더는 액셀러레이터와 함께 있던 에스텔을 질투하고, 에스텔은 처음 가보는 패밀리 레스토랑에서 점심을 먹는다. 히토카와 하사미의 시체에서 희한한 물건이 발견됐다는 헤븐 캔슬러의 말을 들은 에스텔과 액셀러레이터는 영안실로 향한다.
에피소드 4
유사 혼백 - 카토
에스텔이 주입시킨 유사 혼백 카토로 인해 히토카와 하사미는 다시 깨어나고, 액셀러레이터는 그녀를 제거하러 온 DA의 요원들과 싸운다. 아직 완전치 못한 몸으로 무리한 액셀러레이터는 쓰러지고, 도주하던 DA의 요원은 자신을 저지하려던 시스터즈의 미사카를 납치한다. 한편, 히시가타의 제안을 들은 나키모토는 DA를 처리하기 위해 스캐빈저를 고용한다.
에피소드 5
안티스킬의 어둠
갑자기 전달된 정보를 토대로 '안티스킬'은 'DA'의 거점을 차례로 제압하기 위해 출동했다. 최신 장비로 무장했지만 인원수에서 열세였던 'DA'는 히시가타에게 도움을 요청한다. 에스텔을 잃고 라스트 오더의 탈취도 실패한 지금, 납치한 인질을 쓰면 어떻게든 된다. 히시가타의 그 말을 믿은 'DA'는 시스터즈를 그에게 전달하기 위해 다각 병기 '타란툴라'를 꺼내 응전한다. 그 압도적인 화력 앞에 무참히 쓰러지는 '안티스킬'들. 하지만, 그곳에 나타난 나키모토의 자객 '스캐빈저'가 타란툴라를 손쉽게 격파한다. 그리고 다음 타깃인 시스터즈를 확보하기 위해 에스텔과 요미카와를 공격하는데!
에피소드 6
시식부대
그 흉악함 때문에 봉인돼 있었던 4명의 능력자로 구성된 암부 조직 '스캐빈저'. 'DA'를 말살하기 위해 해방된 그 송곳니는 그들이 증오하는 만악의 근원'선생님'에 해당하는 요미카와와 '우등생'에 해당하는 에스텔에게 향했다. 종이를 자유 자재로 조종해서 탈 인형 옷처럼 만들어 싸우는 나루, 액체의 비중을 조종하는 야쿠마루, 마찰계수를 조종하는 세이케, 작전 입안과 유기적인 연계 공격을 지휘하는 리더. 만만찮은 스캐빈저를 상대로 에스텔과 카토는 실신한 요미카와를 지키기 위해 싸움을 피할 수 없었다. 일반인을 뛰어넘는 카토의 근력과 그것을 보조하는 에스텔의 사령술로 어떻게든 막아내고는 있었지만, 나루 한 명을 막는 것도 쉽지 않았다. 마치 농락당하듯이 나루의 공격에 소모돼 쓰러져 가는 카토를 보고 에스텔이 절망하여 마음이 꺾이려는 그 순간. 두 사람을 지키듯이 액셀러레이터가 나타나 그 앞을 막아섰는데...
Austin Tindle
Amber Lee Connors
