남극대륙에 기지 네오그라드를 세운 신 제국 기아. 기아의 총통 독타맨은 일본정벌을 결심했다. 메카자 이간 카부토 칸스가 과학도시 테크노피아21을 습격한다. 그 장소에 있던 청년 고 시로는 수수께끼의 거대로봇에게 잡혀간다. 고와 마찬가지로 후지산 근처에 잡혀온 5명의 젊은이들. 그들을 맞이한 건 고성능 로봇 피보였다. 5명은 피보로부터 자신들에게 주어진 운명에 대해 듣게 되었다.

일본정벌을 목표로 삼은 독타맨에게 있어 수수께끼의 바이오 로봇과 바이오맨은 방해물 이었다. 독타맨은 첫 전투에서 패배한 메이슨을 대신해 파라를 보낸다. 한편 바이오맨은 모습을 감춘 코이즈미 미카를 찾고 있었다. 신 제국 기아와 싸우기 위해서는 미카의 힘이 어떻게든 필요했다...

국립과학연구소가 폭발했다. 아마 메카인간이 잠입해서 자폭을 한 듯하다. 기아의 다음 계획은 초 에너지 연구소. 이 연구소 근처에서 이상함을 느끼기 시작한 고는 자신의 특기인 동물과 소통하는 능력을 이용해 비둘기의 도움을 받아 이상함의 원인을 찾아낸다.

도심에 금화를 뿌리는 수수께끼의 골든 보스. 사람들은 현혹되어 뛰어다니기 바빴다. 사실 골든 보스의 정체는 빅3의 몬스터였다. 이대로 라면 도시는 기아의 계획에 속아 넘어가게 된다. 타카스기는 하얀 양복을 입고 골든 보스의 부하로 위장 잠입 하여 도시를 정찰한다...

오니카 산에 기아의 거대 캡슐이 떨어졌다. 미카는 혼자 조사를 나가 파라의 독가스 작전을 엿듣게 되고 이를 막으려 하지만, 사실 독타맨이 준비해둔 교묘한 함정이었다...