경찰관인 장대수와 한방은 크로노스를 피해 지구로 탈출한 스텔라 공주를 구출한다. 스텔라는 경찰관의 참수리마크를 피닉스로 오해하고, 둘은 졸지에 케이캅으로 변신한다. 케이캅은 스텔라를 추격한 우주 악당 키마이라를 상대로 첫 번째 대결을 벌이게 된다.

공부에 지친 아이들이 학교와 학원 가기를 싫어하는 마음을 이용하여 키마이라는 먹으면 사라지는 마법의 빵을 만든다. 방과후 교사가 된 스텔라는 빵을 먹은 아이들이 사라지는 것을 보게 된다. 호출을 받고 출동한 장대수와 한방은 케이캅으로 변신한다.

장대수와 아들 동건은 스텔라와 한집에 살게 된다. 한편 운동장에서 개미들을 괴롭히는 아이들을 본 키마이라는 개미 괴물을 만들어 내고, 출동한 장대수와 한방은 변신을 위해 자리를 피한다. 동건은 그 모습을 보고 아빠를 겁쟁이로 오해한다.

물을 함부로 낭비하는 사람들을 본 키마이라는 물고기 괴물을 만들어 물을 모두 빨아들인다. 도시의 물이 사라지자 사람들은 혼란에 빠진다. 케이캅 블루와 레드는 물을 되찾기 위해 물고기 괴물이 있는 동굴로 들어간다.

키마이라가 만든 괴물들을 체포하며 승승장구하던 케이캅 앞에 죽음의 전사 타이탄이 나타난다. 케이캅은 우주 최강의 전사 타이탄과의 대결에서 첫 번째 패배를 당하고, 승리하기 위해서는 무기 합체가 필요하다는 단서를 얻는다.

무분별한 개발로 인해 멧돼지가 도심에 출몰한다. 키마이라는 이를 이용해 멧돼지 괴물을 만들어 블랙 에너지를 얻으려고 한다. 스텔라와 함께 귀가 중이던 동건과 친구들은 멧돼지 괴물을 마주치고, 출동 명령을 받은 케이캅은 급히 현장으로 출동한다.