황제펭귄은 지구상 가장 추운 극한의 환경에 서식하는 가장 크고 강한 펭귄이다. 내셔널지오그래픽 탐험가 버티 그레고리는 남극 펭귄 군락지에 들어가 지금까지 촬영된 적 없는 펭귄의 사회성을 마주한다. 그리고 태어날 때부터 형성된 가족, 친구, 전혀 관계없는 펭귄과의 유대감이 급격히 따뜻해지는 이 지구에서 펭귄들의 삶과 죽음을 가르는 요인이란 점을 발견한다.

수백만 년 전, 한 무리의 펭귄이 강한 해류를 타고 결빙 지대를 떠나 낯선 신대륙에 도착했다. 이들은 사막과 열대 지방에서 살기 위해, 심지어 인간과 더불어 살기 위해 자신들의 전통을 재정립했다. 극한의 시험을 거친 이 펭귄들은 모든 펭귄 중 가장 똑똑한 펭귄이라 해도 과언이 아닐 것이다. 내셔널지오그래픽 탐험가 버티 그레고리가 펭귄의 문제 해결 능력과 '말하기' 능력, 또 새로운 세계를 향한 끈질긴 탐색 능력을 발견한다.