현대 일본에서 살다 퇴근길에 교통사고를 당해 사망한 청년이 아기가 되어 전생한 곳은 이세계였다. 현자라 불리는 남자가 아기를 데려다 키우면서 신이라는 이름을 받은 청년은, 비범한 마법 능력을 가진 현자의 손자로 자라난다.

불량배들로부터 구해준 마리아와 시실리와 함께 찻집에서 차를 마시던 신은, 그녀들 역시 고등마법학원 입시를 치를 예정이라는 걸 알게 된다. 그리고, 입시 당일. 시험장을 찾던 신은 거만하고 무례한 한 남학생과 시비가 붙는다.

시실리, 마리아와 함께 등하교 하며 학원 생활을 시작한 신은, 친구들의 부추김으로 궁극 마법 연구회라는 새로운 부까지 만들고 회장을 맡게 된다. 한편, 집에서 이상 행동을 보이던 카트는 아버지에 의해 자택근신을 당하고 마는데…

수십 년 만에 출현한 마인을 격퇴한 신을, 사람들은 새로운 영웅이라 칭송하며 추앙한다. 하지만, 직접 마인과 싸운 신은 뭔가 인위적인 느낌을 지우지 못한다. 한편, 수많은 궁극마법연구회 가입 희망자 중에서 마크와 올리비아가 새 멤버로 들어온다.

신은 열광선 마법의 흔적으로 봐서 슈트롬이 살아있을 거라 추정하고, 오구는 만약에 대비해 장비를 충분히 만들어 두기로 한다. 한편, 알스하이드 왕국은 마인을 무찌른 신에게 1등 훈장을 수여하는 서훈식을 성대하게 개최한다.

본국으로 돌아간 제국군은 마물에 의해 몰살당하고, 이를 뒤쫓던 왕국군은 마인 무리를 이끌고 나타난 슈트롬을 발견하고 후퇴한다. 이후, 왕국은 대대적인 전력 증강에 나서고 마법 학원생들도 실력 향상을 위해 기사 학원과 합동 훈련을 실시하기로 한다.