1. 충실한 신하 목이버섯 성의 닌자 부대에 취직한 그랑파보는 도이 선생님과 덴조 선생님에게 성의 신하인 요에몬 씨가 타쿠로라는 신하와의 싸움으로 감옥에 갇혔다는 사실을 알린다. 타쿠로가 목이버섯 성을 몰락시키기 위해 잠입한 닌자라고 확신한 도이와 덴조 선생님은 란타로, 기마루, 신베, 그랑파보와 함께 요에몬을 구하기 위해 성으로 가는데... 2. 쓸데없는 연기 무사히 목이버섯 성으로 들어간 닌자 학교 일행은 여장으로 문지기를 속여 감옥으로 들어가는 데 성공한다. 그리고 요에몬과 함께 탈옥을 감행하는 도이 선생님과 란타로 일행. 하지만 요에몬이 탈옥 중 쓸데없는 연기를 하는 바람에 모두는 위기에 처하고 우여곡절 끝에 탈옥에 성공한 후 저택으로 들어가는데... 3. 닌자의 습성 성주를 속여 도련님을 쫓아내려는 타쿠로 앞에 나타난 요에몬과 도이 선생님 일행. 도이와 덴조 선생님은 닌자의 습성을 이용해 타쿠로가 닌자라는 사실을 밝혀내고 목이버섯 성은 다시 평화를 되찾는다.

1. 공물 도둑 식당 아줌마의 심부름으로 금락사 주지 스님께 편지를 전해주러 가는 란타로, 기마루, 신베. 하지만 란타로, 기마루에게 뒤쳐진 신베는 공물 도둑으로 몰리고 그 때 수상한 닌자와 닌자 마니아를 자청하는 소년이 나타난다. 란타로는 닌자가 공물로 준비한 주먹밥을 먹은 장본인이란 걸 알아내고 닌자는 세 사람에게 복면을 묶어달라고 부탁하는데... 2. 닌자 마니아 사례를 준다는 말에 닌자의 복면을 묶어주겠다고 나선 기마루. 하지만 사실 복면 묶는 법을 제대로 모르는 세 사람은 복면 묶기에 실패하고 이 모습을 지켜보던 닌자 마니아 소년은 변장술을 제안한다. 복면은 못 묶지만 변장술에는 능한 닌자는 소년의 모습으로 변장한 후 적의 숙소에 잠입을 시도하는데... 3. 황화문 명인 선생님 적의 숙소에 들어가자마자 들켜버린 닌자. 란타로, 기마루, 닌자는 얼굴을 들킨 소년에게 도망가라고 하지만 묘한 웃음을 짓는 소년. 사실 소년은 닌자의 스승으로 닌자가 걱정돼 소년으로

1. 토란행자의 결혼 토란행자에게 결혼 선물을 전하러 가는 도이 선생님과 란타로, 신베. 세 사람은 아르바이트를 하는 기마루와 닌자학교의 도서부 소속 학생들을 만나고 토란행자와 미스 잎새버섯이 하는 순간이동 환술쇼를 보게 된다. 그리고 토란행자에게 순간이동 환술의 비밀을 듣게 되는데... 2. 리키치의 근무 현장 견학 덴조 선생님의 심부름으로 리키치에게 빨랫감을 전하러 가는 란타로 3인조. 하지만 리키치는 빨랫감을 맡긴 아버지에게 화가 나 3인조를 쫓아낸다. 그 때 닌자 학교 사무원 치지고료가 나타나 눈치 없이 일을 방해하고 설상가상 길까지 잃어버린다. 어쩔 수 없이 치지고료를 데리고 닌자학교로 간 리키치는 아버지 덴조에게 빨랫감을 받는 대신 치지고료를 학교에서 내보내지 말라고 부탁하는데... 3. 곡예사가 될래! 심부름을 하고 돌아가던 란타로 3인조는 곡예 구경을 하게 되고 곡예사가 돈을 버는 모습을 본 기마루는 곡예사 기토에게 제자로 받아달라고 말한다. 하지만

1. 전당포 상인 토모키 씨 목표지점 찾기 수업을 가던 중 전당포 상인 토모키 씨를 만난 란타로 3인방. 셋은 토모키 씨가 어떤 남자의 옷에서 발견한 사랑의 노래가 적힌 종이를 한 저택의 따님에게 전해주기로 하는데... 2. 밑 빠진 통 빠져나가기 기술 밑 빠진 통 빠져나가기 기술로 저택에 잠입한 란타로 3인방. 하지만 통에 걸린 신베 때문에 발각된 위기에 처한 세 사람은 마루 밑으로 몸을 숨긴다. 그리고 자신들이 전해주려 했던 종이가 실은 사랑의 시가 아니라 도적단이 주인집에서 뺏은 보물이 있는 장소를 적어 놓은 암호문이란 이야기를 듣게 되는데... 3. 도적단 두목, 억지부리고몬 도적단에게 발각돼 위기에 처한 란타로 3인방. 신베의 말실수로 암호문을 뺏길 위기에 처한 순간 도이 선생님이 나타나 세 사람을 구한다. 그리고 도적단이 도망간 후 암호문을 살펴보는 도이 선생님. 그 때 저택의 주인 한가한이 나타나 암호문의 정체를 밝히는데...

1. 자라가 온 이유 갑자기 학교로 찾아 온 신베의 여동생, 자라. 동해 수군에게 고래 고기를 받으러 간다는 자라의 이야기에 교장 선생님은 1학년1반 학생들도 함께 가라고 지시를 내린다. 모두는 도이, 덴조 선생님과 함께 동해 수군에게 향하고, 란타로와 기마루는 누군가 뒤를 쫓는다는 느낌을 받는데... 2. 고래 사냥 고래 사냥에서 공을 세운 시게를 축하하기 위해 파티를 벌이던 동해 수군들. 그 사이 독버성 수군들은 신형 배로 동해 수군을 유인하고 그 사이 재비늘버섯 닌자들이 동해 수군의 숙소를 치려고 한다. 이 사실을 알게 된 동해 수군과 1학년 1반 학생들은 대책을 세우는데... 3. 이상한 고래 바다에서 동해 수군을 유인하는 독버섯 수군들과 동해 수군 숙소를 공격하려는 재비늘버섯 닌자들. 두 팀으로 나뉜 동해 수군와 1학년 1반 학생들은 각각 독버섯 수군과 재비늘버섯 닌자들을 물리치는 데 성공한다. 그리고 고래 고기를 싣고 집으로 향하는 자라. 동해 수군들과 학