그레이스 필드 하우스는 고아원이다. 그와 동시에 그곳은 엄마와 서른 여덟 명의 아이들이 소소한 행복을 느끼며 살아가는 집이었다. 11살인 엠마와 노먼, 레이는 하우스에서도 언니 오빠들인데다 매일 치러지는 시험에서도 항상 만점을 받는 우수한 아이들이었다. 그리고 입양이 결정된 코니를 배웅하던 밤, 코니가 놓고 간 물건을 전해주러 서둘러 뛰어간 엠마와 노먼은 보아서는 안될 것을 보고 마는데.

괴물의 식량으로 길러지는 아이들, 하우스는 농원, 다정한 엄마는 적. 하우스의 숨겨진 비밀을 알게 된 엠마와 노먼은 탈출을 계획한다. 하지만 이자벨라는 두 아이가 문에 왔었다는 사실을 눈치챈 모양이었는데.

새로운 어른, 시스터 크로네의 등장으로 감시자가 늘어나버린 하우스. 하지만 엠마와 노먼의 탈출 작전에 레이도 가담하면서, 발신기가 자신들의 몸 어디에 있는지 확인에 나섰다. 한편, 모두 다 함께 탈출할 날을 대비해 술래잡기를 가장한 훈련을 하던 아이들의 앞에 크로네가 술래를 자처하며 나섰는데.

스파이의 정체가 레이인 것을 알아낸 노먼은 동요 없이 레이에게 이중 스파이가 되라는 제안을 한다. 이에 레이는 탈출하기 위해 스스로 스파이가 되었다는 사실을 밝힌다. 그리고 노먼의 스파이가 되는 대신 다 함께 탈출하는 것은 포기하고, 이를 엠마에게는 숨기라는 조건을 내거는데.

윌리엄 미네르바라는 사람의 책에서 모스 부호를 발견해낸 엠마와 노먼, 레이. 이에 아이들은 하우스 밖에 자신들의 편이 있을 거라는 추측을 하게 된다. 한편, 이자벨라의 비밀의 방에 들어가는 것에 성공한 길다와 돈. 하지만 그곳에서 코니와 관련된 엠마와 노먼의 거짓말을 알아버리고 마는데.