메가로 폴리스의 완성을 축하하기 위해 전 세계의 유명인들이 트레인 공국의 '스카이 스테이션'에 모여 들었다. 그런데 하늘에서 정체 불명의 물체가 떨어져 '스카이 스테이션'이 파괴되고, 어린 아이가 위험에 처한다. 지구 구조대는 트레인 베이스에 도움을 요청하지만, 훈련 기지에 모인 트레인 히어로들은 아직 훈련 받은지 한 달밖에 안 된 풋내기들. 과연 트레인 히어로들은 첫 임무를 훌륭히 완수할 수 있을까?

첫 구조를 성공적으로 마친지 한 달이 지났다. 트레인 히어로들은 지난번 구조한 장면을 돌려보며 자신들의 활약에 감탄한다. 하지만 한 달 내내 출동은 없고 훈련만 받으려니 점점 지겨워지기 시작한다. 그때 마침, 닥터 맥과 닐 교관이 함께 있는 모습을 발견하고 히어로들은 맥에게 닐 교관의 과거에 대해 묻는다. 과연 닐 교관님은 과거에 어떤 기차였을까?

나무가 우거지고 동물들이 뛰어노는 노스 랜드 숲에 불이 났다. 건조한 날씨 때문에 불길은 빠르게 번져 나가고, 마침 노스 랜드 숲을 지나던 열차는 오도 가도 못하는 신세가 된다. 캡틴 아크네는 급히 트레인 베이스에 SOS를 치고, 트레인 히어로들이 출동한다. 사람들을 빨리 구조해야 하는데 히어로들도 불 끄는 일은 처음이라 다들 우왕좌왕. 과연 무사히 사람들을 구출할 수 있을까?

신비로운 풍경으로 유명한 블루 반도. 이곳엔 리온 강이라는 아름다운 강이 있다. 그러나 쉴 새 없이 쏟아지는 폭우로 강물이 불어나자 리온 강 위에 놓여 있던 철교가 조금씩 무너지기 시작한다. 마침 그때, 철교 위를 지나던 기차가 위기에 빠지고 캡틴 아크네는 트레인 히어로들을 요청한다. 5명의 트레인 히어로가 기차를 구하기 위해 달려오는데, 과연 이번에도 무사히 구할 수 있을까?

리온강 철교에서 무사히 승객을 구조한 트레인 히어로들. 하지만 근처에서 또 다른 재난이 일어난다. 라디아 왕녀가 타고 있던 열차가 동굴에 갇히자, 지구 구조대는 트레인 베이스에 구조 요청을 한다. 아직 근처에 있던 알, 고, 샘이 그쪽으로 출동하기로 하는데, 이전 구조 활동에서 다친 알의 다리가 다시 말썽을 일으킨다. 과연 알은 다친 다리로 승객을 구할 수 있을까?

트레인 히어로들은 오늘도 한 자리에 모여 수다를 떤다. 오늘의 주제는 ‘지오 프론트’. 지오 프론트는 지하 깊은 곳에서 다이아몬드 같은 에너지원을 채취하는 곳이라는데, 히어로들은 어떤 곳일지 맘껏 상상의 나래를 펼친다. 그때 앤에게 ‘지오 프론트’로 출동 명령이 떨어지고 앤은 급히 지하로 내려간다. 그런데 갑자기 지하에서 앤의 비명 소리가 들리는데. 과연 앤은 어떻게 된 걸까?