도쿄 신주쿠에서 활동하는 나이토 신주쿠 일가는 와시오 혈통만이 두목이 될 수 있다는 세습제 전통을 가지고 있는 일본에서 가장 오래된 조직이다. 그중 12대 총장을 계승 받은 와시오 군지는 신주쿠 암흑사회에 확고한 세력권을 잡아두고 다른 항쟁의 중재와 다른 지역 야쿠자 조직들의 유입을 방지하는 것을 목표로 도쿄 안에 4개의 조직을 만들어 서로의 규율을 맞춰가며 지내고 있었다. 그러던 중 재경 4구역회에 속하는 신주쿠 키바 일가가 자금난에 허덕이다, 존망 위기에 놓이게 된다.

계속해서 신주쿠를 넘보는 난바회의 두목, 마카나미에게 분노한 군지는 그들에게 전쟁을 선포한다. 그를 뒤에서 몰래 칠 계획을 세우고 움직이지만, 어떤 까닭인지 그들의 계획이 모두 들통나고 만다. 뒤늦게 조직 안에 누군가 밀고자가 있다는 걸 깨닫게 되지만, 이미 그들의 계획을 알고 있던 난바회 조직원들이 군지의 이동 경로에 미리 대기하다 그를 없애버린다. 군지의 죽음 후, 나이토 일가에 유일한 와시오 혈통인 타이가를 없애려는 사람들로 인해 그의 목숨이 위험해진다.

신주쿠 키바 일가가 난바회에 먹히고 뒤를 이어 긴세이회까지 굴복하는 모양새를 띄우자 오오카와회는 그들을 먼저 치기 위해 다가간다. 하지만 미리 선수 친 긴세이회 부하들의 손에 오오카와회의 두목인 후지다가 목숨을 잃게 된다. 한편, 레이지는 조직 내에서 와시오의 유일한 혈통인 타이가의 목숨을 노리고 있다는 생각에 조직을 나와 그와 도피 생활을 시작한다.

와시오 저택을 불 질러 함께 분신자살한 카나마루. 그의 자살로 인해 나이토 신주쿠 일가는 다시 한번 휘청거리게 된다. 레이지와 유타카가 나가버리고 없는 현재, 시바가 카나마루의 뒤를 이어 나이토 신주쿠 일가를 이끌어가야 하는 상황이 되고 만다. 한편, 카나마루가 자살했다는 소식을 전해 들은 레이지와 그 일행들은 적잖이 충격에 빠지고 마는데...

신 12대와 13대를 두고 대립이 이뤄지는 중에 교도소에 있던 나이토 신주쿠 일가의 일원인 오오가미가 출소한다. 본인을 교도소에 집어넣은 카나마루와 토키에게 원한을 갖고 있던 오오가미는 그들의 사망 소식을 듣고 토키의 아들인 레이지에게 복수를 해주기 위해 때를 기다린다. 마츠나미는 그의 제안을 뿌리치지 못하고 키요하루의 뒤를 덮치게 되는데...