في القرن الثالث والعشرين، تقوم المركبة الحربية الأمريكية الفيدرالية "إنتربرايز تي إم" بعمل مناورات تدريبية. الأميرال "جيمس تي كيرك" (ويليام شاتنر) مصر على أن هذا التفتيش قد يكون آخر مهمة فضائية في حياته المهنية. لكن "خان" قد عاد، وتساعده عصبة منفية من الرجال الخارقين المعدلين وراثياً. "خان (ريكاردو مونتالبان) مغامر عبقري من كوكب "الأرض" في القرن العشرين، وقد غزا المحطة الفضائية "ريغيولا وان" وسرق جهازاً فائق السرية يسمى "المشروع جينيسيس" وفرض سيطرته على مركبة أخرى.