Quand sonne minuit, Yoyo, Gluglu et Bibou enfilent leurs pyjamas spéciaux. Ils deviennent les Pyjamasques et déambulent dans la nuit, au lieu d'être dans leur lit.

Alors qu'il fait beau et que les enfants jouent sous les jets d'eau, l'eau s'arrête soudainement de couler et de mystérieux nuages sortent des tuyaux d'arrosage, obligeant les enfants à arrêter leur jeu. Les Pyjamasques vont devoir affronter Sorceline, et Yoyo sa peur de l'eau pour que les choses rentrent dans l'ordre.

Il est arrivé quelque chose d'étrange à la bibliothèque : les livres ne sont plus remplis d'histoires mais de photos de Roméo. Les Pyjamasques vont tout faire pour déjouer le plan.

Le musée vient de réouvrir après des travaux. Il y a une nouvelle salle d'exposition dédiée aux sciences, mais le mur de cette salle est déjà fissuré. Les enfants se doutent bien que c'est Roméo qui est derrière tout ça. Ce dernier veut en effet voler le propulseur qui est exposé et s'en servir pour devenir le maître du monde.

Le matériel de sport a disparu. Nos trois héros vont bientôt s'apercevoir que Ninjaka l'a volé pour entraîner ses Ninjazouaves.

Un ptérodactyle géant a disparu.