En el estreno de la serie, los miembros de la unidad más exclusiva de los Navy SEAL deben sortear tanto su vida profesional y personal mientras entrenan, planifican y ejecutan las misiones más peligrosas y de alto riesgo que el país puede pedirles.
Cuando un paciente que sufre anorexia no puede ganar el peso necesario para sobrevivir a una operación de corazón, Claire sugiere que realicen una cirugía experimental a la que Melendez se opone rotundamente. A Shaun le preocupa que la negativa de Glassman a caminar por la planta del hospital impida que le den el alta e intenta persuadirlo para que deambule.
La misión del equipo Scorpion de encontrar un tesoro hundido se complica cuando el barco de Walter y Paige explota y los deja en el océano Pacífico rodeados de tiburones.
Durante una misión en el desierto, una explosión de metralla hiere gravemente a Cabe, por lo que el equipo Scorpion debe congelar su cuerpo para salvarlo.
La distanciada madre de Paige recurre al equipo Scorpion cuando descubre accidentalmente un reactor nuclear olvidado a punto de explotar.
