La desaparición de un importante funcionario da comienzo a una investigación que involucra a tres agentes policiales y a un criminal.
Ray, Ani y Paul toman las medidas necesarias para no ser detectados. Frank lidia con las consecuencias de su traición.
Cuando un conflicto en Europa del Este amenaza con empeorar, llaman al equipo Scorpion para que ayude a evitar la Tercera Guerra Mundial mediante reuniones pacificadoras secretas.
En el último episodio de la temporada, Ray y Ani intentan limpiar sus nombres y solucionar el asesinato de Casper.
La UAC viaja a Los Ángeles para investigar asesinatos inusuales en toda la ciudad. Prentiss revela más de su misterioso pasado.