La Tierra ha sido devastada por unos seres llamados Festum desde el año 2114. Por ciertos eventos causados por estos seres los japoneses perdieron su fertilidad y fueron prácticamente borrados del mapa. Los supervivientes se encuentran ahora en una remota super isla japonesa llamada Isla Tatsumiya, la gente ha logrado sobrevivir escondiéndose de los Festums usando la más avanzada tecnología. Es el último paraíso en la Tierra. Lo mas sorprendente de esta isla es que es todo un continente flotante. Al fin, los Festums descubren la isla y comienzan a atacar. Aun así, los humanos no estaban desprevenidos. Tras activar los escudos de energía que protegen la isla, mandan a un joven piloto, Kazuki Makabe (真壁騎), a luchar contra los Festums usando un robot gigante llamado Fafner. Así es como empieza la historia.