Sonic, Cat, Antoine y Sally se infiltran en Robotrópolis para una nueva misión. Sally recibe por computadora un mensaje que le da indicios de dónde está su padre y va a su encuentro. Mientras, Sonic rescata a Cat, capturado por fuerzas de Robotnik.

Sally é levada como prisioneira por Robotnik e Snively, que criam um clone robotizado dela.

Tío Chuck, ahora robotizado, ataca a Sonic hasta que gracias al poder del Anillo Mágico recobra la conciencia de sí mismo y le advierte sobre la última invención de Robotnik: un gran 'Cristal de Energía' capaz de destruir toda la vida en Mobius.

Sonic e os Lutadores da Liberdade buscam os pergaminhos secretos, fontes de grandes poderes.

En Robotrópolis, Sonic y Sally se enfrentan a un malvado mago dueño de un poderoso ordenador capaz de realizar cualquier tipo de hechizo. Para que Lazar le devuelva a Sonic su poder, él deberá recuperar el ordenador que está en manos de Robotnik.

Robotnik furioso con Sonic porque siempre sale airoso, lo enfrenta a un robot capaz de alcanzar 800 km/h y fuertemente armado. Pese a las advertencias de Sally que sospecha que todo se trata de una trampa, Sonic decide formar parte de la carrera.