Para evitar que los franceses cambien la Historia, tal y como la conocemos, el Ministerio envía en una misión a una patrulla formada por miembros recién reclutados.

Gil Pérez, afamado agente del Ministerio durante el reinado de Felipe II, descubre que Lope de Vega, alistado en la Armada Invencible, no va a embarcar en el barco que la Historia dice que embarcó: el San Juan, una de las pocas naves cuyos marineros lograron salvar la vida. A cambio, embarca en otro navío donde encontrará la muerte segura, antes de escribir sus mejores obras. La patrulla viaja a la Lisboa de 1588 para evitar que esto ocurra. El viaje supone para Amelia una oportunidad de conocer en persona al autor de la Historia de la Literatura que más admira Para Alonso, viajar cerca de su época y conocer a un hijo del que ignoraba su existencia Y para Julián, un auténtico quebradero de cabeza al tener que asumir el control de la operación ante la deriva de sus compañeros de patrulla.

El objetivo esencial del Ministerio es evitar que alguien utilice las puertas temporales para, desde el pasado cambiar el presente Pero ese objetivo se convierte en algo esencial cuando quien quiere cambiar la Historia es nada menos que el regimen nazi. Himmler, informado de la existencia de una puerta en el Monasterio de Montserrat viaja allí para hacer uso de ella, aprovechando la cita de Hendaya entre Hitler y Franco. Su objetivo ya no es sólo dominar el mundo, sino reescribir la Historia. Amelia, Julián y Alonso deben evitarlo viajando a Montserrat, mientras Ernesto e Irene se presentan en el mismo Hendaya, lugar de encuentro entre Hitler y Franco para negociar la participación de España en la segunda guerra mundial. Algo que deben evitar a toda costa.

Abraham Levi, creador del Libro de las Puertas, regaló si obra en 1491 a Isabel la Católica a cambio de protección ante la Inquisición. Sin embargo, pese a las promesas de la reina (y a espaldas de ésta) muere quemado tras auto de fe. No es una historia muy edificante, pero es la que es hasta que el abogado de los herederos de Levi, descubre documentos que evidencian lo ocurrido y se presenta en el Ministerio exigiendo una fuerte indemnización a cambio de no hacer pública la existencia del Ministerio, un secreto guardado durante siglos. La patrulla deberá viajar a 1491 para salvar de la hoguera al rabino. El problema es que la puerta está en bucle y sólo tienen 24 horas para evitar su muerte Una y otra vez, como si fuera el día de la marmota, vuelven al mismo día sin lograr que Torquemada ejecute al rabino La gran sorpresa para ellos será descubrir quién es Torquemada. En paralelo, la madre de Amelia insiste en que su hija tenga novio y se case. Para ello, la vigila, poniendo en peligro la labor secreta...

El Guernica, tras duras negociaciones, vino a España en el año 1981 como símbolo de la vuelta de la democracia. Sin embargo, llegan informes al Ministerio de que las negociaciones están cambiando con respecto a lo que cuenta la Historia, poniendo en peligro la llegada del cuadro a España. Alguien está interfiriendo en las mismas, queriendo reescribir la Historia y que el cuadro de Picasso nunca venga a España. Para impedir que esto ocurra, Amelia, Julián y Alonso deberán encontrar el contrato de venta que firmaron Picasso y el gobierno republicano. Para ello viajarán al año 1981, justo en el momento clave de las negociaciones. Su sorpresa será grande cuando descubran quién está detrás del problema, lo que supondrá un shock para el propio Ministerio. Julián aprovecha el viaje al Madrid de cuando era apenas un niño para reencontrarse con su pasado. Y no es como él se lo imaginaba.

En unas excavaciones arqueológicas realizadas en el 2015 en Salamanca con el fin de encontrar restos del siglo XVI, aparecen cuadros del 1520, otros hallazgos de la misma época y un móvil. El móvil pertenece a un empresario de nuestro tiempo que se ha dado a la fuga en el 2013 tras descubrirse qu su negocio era una gran estafa. La patrulla viaja a la época de la Castilla precomunera para detenerlo ya traerlo al presente. Para ello contarán con la ayuda de un joven. Su nombre: Lázaro de Tormes. Durante la misión, el Lazarillo es apresado corriendo riesgo de muerte. La misión ahora es doble: detener al empresario estafador del siglo XXI que ha viajado al pasado y evitar la muerte de Lázaro. Un personaje que todos creían imaginario y ahora descubren que es de carne y hueso y cuya desaparición antes de escribirse el libro podría suponer que uno de los textos esenciales de nuestra literatura nunca vea la luz.