Mulder y Scully descubren un vínculo escalofriante entre el encubrimiento de OVNIS y experimentos secretos del gobierno.
Un místico nativo americano intenta curar a Mulder. Scully va en búsqueda de archivos secretos sobre la experimentación en extraterrestres y sin querer se convierte en el blanco del asesino.
Mulder descubre un plan extraterrestre para colonizar la Tierra mientras rastrea al despiadado cazarrecompensas que ha abducido a Scully.
Mulder hace un descubrimiento asombroso acerca de su hermana durante la investigación de tres médicos idénticos, y la vida de Scully se ve amenazada por un cazarrecompensas mutante.
La Parte 2 explica aún más el plan híbrido álien, la desaparición de la hermana de Mulder.