Continúa la guerra entre la humanidad y los Festum, una agresiva raza de extraterrestres. Aunque el conflicto no parece tener fin, los jóvenes pilotos siguen luchando por su isla. Utilizan los Fafner, sofisticadas armas con las que protegen a los habitantes de Ryugujima. Por su parte, el joven Soushi se debate entre su humanidad y las batallas que le aguardan. ¿Es la victoria una posibilidad efímera? Tendrán que luchar para averiguarlo.