Joe Logan vive con su esposa e hijo en las afueras de la ciudad. Una noche, una banda de ladrones ataca. Joe se despierta en un hospital donde recibe la visita de los agentes del FBI Mike y Emma, quienes le piden ayuda con su investigación.

Higan, antes llamado Joe Logan, interroga al jefe ninja en una casa abandonada. El clan ninja antes trabajaba para Japón, pero los asuntos globales y un cambio de liderazgo los puso bajo la bandera de un país más poderoso.

Yamaji responde preguntas de una de sus tenientes llamada Lil. Hablan de que Hagan sobrevivió después de que lo mataran en su primer ataque y de por qué todavía no le ordenaron al ninja conocido como "El Segador¿ que lo elimine.

El misterioso benefactor le advierte a Higan que es imposible que se infiltre en la ciudad de AUZA sin ayuda. Mientras tanto, Mike y Emma sobreviven al accidente con heridas leves y reanudan su investigación en torno a AUZA y los ninjas.

Al continuar su investigación sobre los ninjas, Mike usa información de Emma para rastrear a Jason. Jason quiere vengarse de AUZA y acepta ayudar a Mike pirateando uno de sus sitios web.

Aska rescata a Higan de una muerte segura y cura sus heridas. Resulta que Aska es Emma, una ninja que no solo fue enviada para infiltrarse en el FBI, sino que además es el benefactor misterioso que ayudó a Higan.