El submarino Yamanami choca con un submarino nuclear estadounidense y se estrella en aguas japonesas. La noticia de la muerte de la tripulación conmociona a Hiroshi Fukamachi, comandante del submarino Tatsunami, que investiga el asunto.

El submarino nuclear de última generación Seabat, que fue secuestrado por Kaieda, emerge frente a la Séptima Flota, que se reúne para hundir el Seabat, ya que se considera una amenaza terrorista.

El Tatsunami llega a la región, donde la operación está paralizada tras la declaración de Kaieda. Fukamachi aborda el Seabat para intentar detener a Kaieda y descubre las verdaderas intenciones de Kaieda.

En el corazón del primer submarino nuclear de Japón, Shiro Kaieda, el imprevisible capitán, intenta hacer realidad su mundo ideal.

Se lleva a cabo una reunión cumbre entre Japón y Estados Unidos. La Tercera Flota de Estados Unidos lanza un misil antisubmarino.

Después de la batalla con la Tercera Flota de Estados Unidos, Kaieda llega a la bahía de Tokio para concluir una alianza con Japón.