S3, A1: In de première van het derde seizoen begint het verhaal drie jaar later, wanneer een lijk, dat bezweken is aan een dodelijk en zeer besmettelijk gif, is gedumpt op een zeer openbare plek. Er wordt een eis gesteld: als een beruchte drugsbaron niet wordt vrijgelaten uit de gevangenis, zal het dodelijke virus worden verspreid. Jack (Golden Globe-winnaar Kiefer Sutherland), die nu een speciale veldoperatie-eenheid leidt voor de terrorismebestrijding, volgt het spoor van deze virale dreiging, wat niets meer is dan een tikkende tijdbom.