S1, A1: Als er in New York City een vliegtuig landt waarvan alle passagiers zijn overleden, wordt dr. Ephraim Goodweather, leider van het CDC Canary Project, met zijn team opgeroepen om de situatie te onderzoeken. Abraham Setrakian, een pandjesbaas uit Harlem, haast zich naar de luchthaven. Op het eerste oog lijkt het een mysterieuze virusuitbraak, maar hij is er zeker van dat dit het begin kan zijn van iets veel onheilspellenders.