S1, A2: In de tweede aflevering van Chain of Command wordt de strijd tegen extremisme over de hele wereld vervolgd. In Irak, nu de Amerikaans-Irakese coalitie Oost-Mosul onder controle heeft, verplaatst het gevecht zich naar het westen van de stad. Ondertussen bereidt een sergeant van de mariniers zich voor op uitzending naar Afghanistan, en op het Caribische eiland Trinidad worstelt de moslimgemeenschap met de schrikbarende realiteit van jongeren die het land verlaten om voor ISIS te vechten.