S1, A2: In haar nieuwe rol als dubbelspion voor de CIA is Sydney – die nog steeds rouwt om de recente dood van haar verloofde Danny – vastbesloten om SD-6 binnen een paar weken uit de weg geruimd te hebben. Ze ontdekt al snel dat SD-6 veel groter en veel machtiger is dan ze zich had kunnen voorstellen. Will ontdekt de eerste raadselachtige aanwijzing van de moord op de verloofde van Sydney.